Pátrání po příbuzenských vztazích mezi živočichy a ostatními organismy je stejně staré jako samotné úvahy o evoluci a historii života. Tradiční systematika devatenáctého a první poloviny dvacátého století dělí eukaryotické organismy do dvou linií: jedna vede k rostlinám a houbám (které jsou někdy řazeny přímo mezi rostliny), druhá k živočichům.

Jako horizontální genový přenos (Horizontal Gene Transfer – HGT) se označuje takový pohyb genetické informace, který překonává normální reprodukční bariéry a odehrává se jiným způsobem, než běžnou cestou od rodiče k potomkovi při rozmnožení. V evoluci prokaryot sehrává významnou roli a do značné míry komplikuje snahy o sestavení jejich přirozeného systému. V posledních letech se ale začíná stále intenzivněji hovořit i o horizontálně přenesených genech u eukaryot. Mnohé práce ukazují, že jde o fenomén, který není radno přehlížet.